LÝSI er með yfir 50% hlutdeild á íslenska markaðnum fyrir heilsuvörur. Meðal neytendavara sem eru seldar í innlendum smásöluverslunum eru Krakkalýsi, þorskalýsi með sítrónu- og ávaxtabragði, Omega-3 Forte og álþynnupakkningar af Omega-3, Omega-3 Forte, Heilsutvennu, Sportþrennu og fleira. Heimamarkaðurinn hefur lengi verið mikilvægur þróunarvettvangur fyrir LÝSI.
Neytendavöru til útflutnings er pakkað í verksmiðju LÝSIS í Reykjavík. Hún er svo ýmist seld undir vörumerkinu LYSI eða merkjum viðkomandi viðskiptavinar. Meðal landa,sem neytendavörur eru fluttar út til eru Finnland, Pólland, Litháen, Lettland, Rúmenía, Búlgaría, Danmörk, Rússland, Þýskaland og Holland. Nýir markaðir eru einnig að skapast í Miðausturlöndum og Asíu.
Magnvara er seld framleiðendum sem vinna frekar úr henni eða umpakka. Viðskiptavinir eru meðal annars í Bretlandi, Indlandi, Þýskalandi, Frakklandi, Bandaríkjunum, Kanada, Mexíkó, Brasilíu, Ástralíu, Nýja Sjálandi, Kína, Rússlandi og Noregi. Helstu afurðirnar eru þorskalýsi, ómega-3 lýsi, túnfisklýsi, laxalýsi, hákarlalýsi, þykkni og lifrarmjöl.